أوضح الباحث والمفكر السياسى الدكتور سعد الدين إبراهيم أنه رفضت تولى أى منصب سياسى رسمى فى عهد الرئيس الأسبق حسنى مبارك، على الرغم من قربه من مؤسسة الرئاسة آنذاك الوقت وعرض عليه أكثر من مرة إلا أنه وكان يطلب منه الاستشارة فى بعض الملفات، أبرزها ملف الجماعات الإسلامية نظرا للدارسات الكثيفة عن ظاهرة التطرف الدينى والجماعات الإسلامية، والملف الثانى العلاقات المصرية العربية بحكم عمله كأمين عام لمنتدى الفكر العربى، والملف الثالث العلاقات المصرية الأمريكية، بالإضافة إلى استشارات السيدة سوزان مبارك فيما يتعلق بقضايا اجتماعية وشبابية وقضايا المرأة.
وأرجع سعد الدين إبراهيم عبر قناة "النيل للأخبار" رفضه لأى منصب سياسى رسمى إلى احتفاظه بحريته كباحث ومفكر سياسى وكاتب صاحب رأى، والتى هى أهم من أى منصب سياسى والكلمة الحرة أبقى من أى شيء آخر والمنصب كان سيقيد حريتى.
وتابع إبراهيم: أن مبارك كان يعتمد على تقاريرى التى أقدمها إليه فى العشر سنوات الأولى من حكمه وكان يستمع أكثر ما يتحدث، وفى العشر سنوات الثانية لم أكن متأكداً لأنه كان يتكلم أكثر ما يستمع، وفى العشر سنوات الأخيرة كانت سنوات عداء.