يُعد دير السيدة العذراء مريم بجبل أخميم، الواقع على بُعد 4 كيلومترات شرق قرية الحواويش و12 كيلومترًا جنوب شرق مدينة أخميم بمحافظة سوهاج، أحد أهم الأديرة القبطية الأثرية المعترف بها رسميًا من الكنيسة القبطية الأرثوذكسية.
وقد جاء الاعتراف الرسمي بالدير في 6 يونيو 1987، بقرار من المجمع المقدس برئاسة قداسة البابا شنودة الثالث، ليصبح الدير الثاني عشر ضمن الأديرة القبطية المعترف بها، وذلك بناءً على طلب الأنبا بسادة أسقف أخميم آنذاك.
شهد الدير مراحل تطوير متعاقبة، شملت في عام 2007 استخراج تراخيص لبناء خدمات وقلالي للرهبان، وفي 2012 إحلال وتجديد المضايف داخل الدير الأثري، وفي 2017 إنشاء مبنى خدمات متكامل للزائرين يضم دورات مياه ومضيفة وبيت خلوة ومرسم. كما تمت أعمال ترميم لكنيستي العذراء والأنبا أنطونيوس والأنبا بولا، شملت إصلاح القباب والأرضيات وحامل الأيقونات، مع الحفاظ على الطابع الأثري.
يتميز صحن الكنيسة بأربعة أعمدة مستديرة تحمل القباب المزخرفة بالطوب المحروق بالألوان الأسود والأحمر، في تصميم يذكر بالشهداء الذين روت دماؤهم جدران الكنيسة في عهد أريانوس ودقلديانوس. ويُعد الدير من الأديرة الباخومية التي جُددت عدة مرات، آخرها في القرنين السادس عشر والسابع عشر.
كما يمتلك الدير مزرعة بالخطاطبة بمحافظة المنوفية، تبعد نحو 7 كيلومترات عن دير مارجرجس الخطاطبة، جرى استصلاحها في سبتمبر 1996 وبناء سور يحيط بها، لتكون مصدرًا لدعم أنشطة الدير وخدمة احتياجاته.