لطالما شكلت العلاقات الأسرية المعقدة لتوت عنخ آمون أحد أعظم الألغاز المحيطة بالملك الصبي فبينما كان معروفًا أن والده هو الفرعون إخناتون، ظلت هوية والدته غامضة للغاية.
وأظهرت فحوصات الحمض النووي أن الملكة تي هي جدة الملك المصري الصغير توت عنخ آمون وفقا لما ذكره موقع ديلى ميل البريطاني.
في عام 2010، أكدت فحوصات الحمض النووي أن مومياء عُثر عليها في مقبرة أمنحتب الثاني هي الملكة تي، الزوجة الرئيسية لأمنحتب الثالث، ووالدة الفرعون إخناتون، وجدة توت عنخ آمون.
ووُجدت مومياء ثالثة، يُعتقد أنها لإحدى زوجات الفرعون إخناتون، مرشحة محتملة لتكون والدة توت عنخ آمون، لكن أدلة الحمض النووي أظهرت أنها شقيقة إخناتون وأشارت تحليلات لاحقة في عام 2013 إلى أن نفرتيتي، الزوجة الرئيسية لأخناتون، كانت والدة توت عنخ آمون.
ومع ذلك، أشار بحثٌ أجراه عالم الآثار الفرنسي مارك غابولد إلى أن نفرتيتي كانت أيضًا ابنة عم أخناتون وقد يُفسر هذا النسب بعض التشوهات التي اكتشفها العلماء لدى توت عنخ آمون إذ عانى من تشوه في القدم، وشق طفيف في سقف الحلق، وانحناء بسيط في العمود الفقري.
لكن ادعاءاته قوبلت بالرفض من قِبل علماء مصريات آخرين، بمن فيهم زاهي حواس، رئيس المجلس الأعلى للآثار في مصر وتشير أبحاث فريقه إلى أن والدة توت عنخ آمون، مثل أخناتون، كانت ابنة أمنحتب الثالث والملكة تي وأضاف حواس أنه "لا يوجد دليل" في علم الآثار أو فقه اللغة يُشير إلى أن نفرتيتي كانت ابنة أمنحتب الثالث.