قال محسن سيد على، أمين عام المجلس الأعلى للآثار، إن الوزارة فتحت تحقيقا مع العاملين بالمسجد وحولتهم للنيابة بعد سرقة جزء من مقبرة الملك فؤاد الأثرية، كما أخذت مجموعة من القرارات لوقف نزيف سرقة المسجد، مثل فصل مسجدى الرفاعى والسلطان حسن عن منطقة جنوب الأثرية وتحويلهما لمنطقة أثرية خاصة.
وأضاف "على" أن الوزارة تقوم بكافة الإجراءات لتأمين هذا المسجد الذى يعتبر الأكثر عرضة للسرقة، موضحا أن الوزارة أخذت قرارا بمنع إقامة عقد القران فى المسجد تماما، وإقامة مائدة الرحمن التى يقيمها شيخ الطريقة الرفاعية، وذلك لمنع تسلل اللصوص عن طريق هذه المناسبات، وتم عمل محضر للتحقيق مع العاملين بالمسجد سواء كانوا من مفتشى الآثار أو من عمال الأمن والنظافة أو من موظفى وزارة الأوقاف.
