تعتبر مؤسسة سان مارك إحدى أهم المؤسسات التعليمية فى الكنيسة الأرثوذكسية، لتوثيق التراث فهى مؤسسة غير هادفة للربح، ورسالتها توثيق التراث القبطى، ودعم الأعمال العلميّة الأكاديميّة والبحثية والباحثين في مجال الدراسات القبطية بواسطة أنشطة الدراسات والتوثيق والحفظ والنشر العلمي، وتوفير المصادر الموثقة وقواعد البيانات اللازمة لذلك.
وتتشرف المؤسسة برئاسة قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية لمجلس أمنائها، ورعايته لها وتفضله بمنحها مقرًا بالكاتدرائية.
وتأسست المؤسسة عام 1998، على يد المتنيح الدكتور فوزي إسطفانوس ومجموعة من الأراخنة والأساتذة المهتمين بالتراث القبطي، وهم: د. جودت جبرة، د. هدى اسكندر، دكتور يونان لبيب رزق، ودكتور سليمان نسيم، ودكتور وليم سليمان قلادة، ومهندس فهيم واصف، وكان اسمها عند التأسيس مؤسسة “القديس مرقس لدراسات التاريخ القبطى.
وحظيت باهتمام ورعاية مثلث الرحمات البابا شنودة الثالث، حيث أعطاها مكانًا فى مبنى معهد الدراسات القبطية بالأنبا رويس ومنحها طرس بركة، ثم شَرُفَت من بعده برعاية واهتمام قداسة البابا تواضروس الثاني ورئاسته لمجلس أمنائها، وقد تفضل قداسته بمنحها مقرًا إضافيًا بنفس المبنى.
وفي عام 2019 صدر القرار البابوي التالى: "تكليف مؤسسة سان مارك للتاريخ القبطي بإنشاء وحدة علمية لحفظ التراث القبطى لتعتني بكل نوعياته، مع إعداد كوادر دراسية على مستوى علمي متخصص في دراسة وصيانة وحفظ مقتنيات هذا التراث، وتأهيله لخدمة العلماء والباحثين والمهتمين بمثل هذه الدراسات. ويكون مجلس إدارة المؤسسة مسئولاً عن هذه الوحدة العلمية ماليًا وإداريًا.