يعتبر مسجد الحسين من المزارات الإسلامية الهامة فى مصر ويحتفظ المسجد إضافة إلى مقام سيد الشهداء، بمجموعة نادرة من مقتنيات النبى محمد، عليه الصلاة والسلام، محفوظة بالغرفة النبوية، وهى عبارة عن: مكحلة، وثوب، وسيف، بالإضافة إلى مصحف يعود إلى عهد الخليفة عثمان بن عفان مكتوب بخط اليد، إلى جانب خصلة أو بعض من شعر رأس الرسول، وعصا النبى).
ومما يذكره المؤرخون، أن هذه المقنيات قضت دهرا فى بيوت الخلفاء والأمراء لكن في زمن الناصر محمد بن قلاوون، قام تاج الدين محمد بن الصاحب فخر الدين ببناء مسجد لها عرف باسم "رباط الآثار"، وهو المعروف حاليا باسم (جامع أثر النبى) بمنطقة مصر القديمة.
وظلت هذه المقتنيات في مسجد (أثر النبي) منذ عام 1307 م في عهد الناصر محمد بن قلاوون حتى عهد قنصوه الغوري، والذي نقلها إلى مدرسته بمجموعة الغوري.
ما تبقى من هذه المقتنيات نقل إلى مسجد السيدة زينب، ومنه إلى القلعة عام 1859 م، ومن القلعة إلى قصر عابدين عام 1887 م، لتستقر فى عام 1888 م داخل مسجد الحسين حتى اليوم.