تتنوع مقتنيات المتحف المصرى ومنها إناء فضي ينسب للملك بسوسنس الأول يحمل خراطيش للملك وهو من كنوز تانيس التي عثر عليها بمحافظة الشرقية وتعود إلى الأسرة الحادية والعشرون عصر الانتقال الثالث.
وقد تعرف العالم على الفرعون بسوسنس بعد اكتشاف مقبرته من قبل الفرنسي البروفيسور بيير مونتيه في سنة 1940م والتي وجدت بكامل كنوزها ولم تتعرض للنهب ، ولحجم الفضة التي عثر عليها بمقبرته سمي بالفرعون الفضي، وكان هذا الاكتشاف سيشكل حدثا هاما مثل حدث اكتشاف مقبرة توت عنخ آمون لولا أن توقيت هذا الاكتشاف كان على أعتاب الحرب العالمية الثانية فلم ينل التغطية والاهتمام كما حدث عند اكتشاف مقبرة توت عنخ آمون.
ويتكون المتحف المصرى من طابقين خصص الأرضى منهما للآثار الثقيلة "مثل التوابيت الحجرية والتماثيل واللوحات والنقوش الجدارية"، أما العلوى فقد خصص للآثار الخفيفة مثل "المخطوطات وتماثيل الأرباب والمومياوات الملكية وآثار الحياة اليومية وصورالمومياوات والمنحوتات غير المكتملة وتماثيل وأوانى العصر اليونانى الرومانى وآثار خاصة بمعتقدات الحياة الآخرى"، وكذلك المجموعات الكاملة مثل "مجموعة توت عنخ آمون".
كما يضم المتحف عددًا هائلاً من الآثار المصرية منذ عصور ما قبل التاريخ حتى نهاية العصر الفرعونى بالإضافة إلى بعض الآثار اليونانية والرومانية، منها "مجموعة من الأوانى الفخارية (من عصور ما قبل التاريخ)، صلاية نعرمر (عصر التوحيد)، تمثال خع سخم (الأسرة 2)، تمثال زوسر (الأسرة 3)، تماثيل خوفو وخفرع ومنكاورع (الأسرة 4)، تمثال كاعبر وتماثيل الخدم (الأسرة 5)، وتمثال القزم سنب (الأسرة 6)، وتمثال منتوحتب نب حبت رع (الأسرة 11)، وتماثيل أمنمحات الأول والثانى والثالث (الأسرة 12)، تمثال الكا للملك حور (الأسرة 13)، تماثيل حتشبسوت وتحتمس الثالث (الأسرة 18)، ومجموعة توت عنخ آمون (الأسرة 18)، ومجموعة كنوز تانيس، ومجموعة كبيرة من المومياوات من مختلف العصور.