يعتبر دير الأنبا بيشوى واحدًا من أكبر الأديرة فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسيةـ حيث تم إنشاؤه فى أواخر القرن الرابع الميلادى تحت قيادة القديس الأنبا بيشوى كتجمع رهبانى، ويشمل كنيسة الأنبا بيشوى وقلالى الرهبان وبئر مياه بدون أسوار، وذلك فى أواخر القرن الخامس الميلادى أثناء حكم الإمبراطور زينونويتكون من 3 طوابق:
أ – الطابق الأول يشمل بئر مياه، ومطحنة غلال، ومعصرة زيت، ومخازن.
ب – الطابق الثانى وبه مدخل الحصن عن طريق كوبرى متحرك ويوجد به فرن وكنيسة على أسم القديسة العذراء مريم.
ج – الطابق الثالث وهو السطح وبه كنيسة على اسم الملاك ميخائيل، ومغارتين.
فى القرن التاسع الميلادى أقيمت الأسوار الحالية للدير على مساحة حوالى 3 أفدنة.
وفى القرن الرابع عشر الميلادى قام البابا بنيامين الثانى البطريرك 82 الذى كان على السدة البطريركية ما بين 1327 – 1339 م بعمل ترميمات واسعة للديربسبب النمل الأبيض الذى عرض سقف الكنيسة للانهيار.
وكنوز الدير تتمثل فى أجساد القديسين الموجودة حيث يوجد جسد القديس العظيم الأنبا ييشوى والأنبا بولا الطموهى فى أنبوبة واحدة فى المقصورة بالخورسالأول. أما عن كنائس الدير فيوجد فى الدير كنيسة الأنبا بيشوى وتعتبر أكبر كنيسة فى أديرة وادى النطرون، وبها:-
أ- المذبح الرئيسى على إسم القديس الأنبا بيشوي
ب- المذبح البحرى على إسم القديسة العذراء مريم
ج- المذبح القبلى على إسم القديس يوحنا المعمدان
