يبدأ العمل، اليوم الجمعة، بنفق الأزهر بالمواعيد الرسمية التى يعمل بها طوال العام، عدا شهر رمضان، حيث يتم تشغيل النفق من الساعة 6 صباحًا وحتى 12 من منتصف الليل، ويغلق لمدة 6 ساعات لأعمال الغسيل والنظافة بشكل يومى.
وكان قد تم مد فترة العمل بنفق الأزهر طوال شهر رمضان الكريم، حيث تم مد فترات العمل بنفق الأزهر من الساعة 6 صباحا حتى 2 بعد منتصف الليل، وحتى الـ5 صباحا خلال يومى الخميس والجمعة، نظرا للكثافة المرورية.
كما كان يتم غلق نفق الأزهر، طوال الشهر الكريم، قبل الإفطار بـ10 دقائق، وفتحه بعد الإفطار بـ10 دقائق، على مدار الشهر الكريم، للحد من الحوادث.
