بعد مرور 32 شهرًا على نظر قضية "تنظيم بيت المقدس"، والمتهم فيها 213 متهمًا، ظهر خلال نظر الجلسات العديد من المعوقات التى يفتعلها الدفاع لتعطيل تحقيق العدالة الناجزة، ورغم ذلك تتصدى المحكمة لحيل الدفاع للفصل فى الدعوى، فرغم كثرة الجرائم التى تضمها أوراق الدعوى وكثر عدد الشهود أوشكت الجنايات على الانتهاء من سماع الشهود تمهيدًا للمرافعة ثم الحكم فيها.
وظهرت أثناء نظر الجلسات العديد من المواقف التى يلجأ إليها المتهمون ودفاعهم لتعطيل سير القضية:
23 مايو 2017
الدفاع يتمسك بسماع جميع شهود الإثبات البالغ عددهم 800 شاهد، والمحكمة تطالبه بتحديد 4 شهود عن كل واقعة.
28 مارس 2017
رئيس المحكمة يناشد البرلمان بسرعة تعديل قانون الإجراءات الجنائية لتحقيق العدالة الناجزة.
14 فبراير 2017
على إسماعيل دفاع المتهمين يدعى تعرض بعض المتهمين للإكراه، ويطالب بعرض بعضهم على الطب الشرعى.
6 ديسمبر 2016
الدفاع يعترض على طلب النيابة بسماع شاهد فى واقعة كنيسة الوراق فى جلسة سرية، متحديًا للقانون.
29 أكتوبر 2016
الدفاع يوجه أسئلة بعيدة عن الدعوى لشهود الإثبات فى واقعة اغتيال المقدم محمد مبروك.
