بلغت موازنة مركز بحوث الصحراء للعام المالى 2017 /2018 نحو 186 مليون و922 ألف جنيه موزعة على أجور وتعويضات العاملين بقيمة 142 مليون جنيه وشراء سلع بـ11 مليون جنيه وفوائد بـ65 ألف جنيه ودعم ومنح بمليون جنيه واستثمارات أخرى بـ28 مليونا و519 ألف جنيه فيما بلغت الإيرادات نحو 20 مليونا و935 ألف جنيه، فيما بلغ العجز الذى تموله الخزانة العامة لمواجهة المصروفات نحو 20 مليونا و935 ألف جنيه.
يذكر أن لجنة الخطة والموازنة بمجلس النواب ستقدم تقريرها بشأن الموازنة للأمانة العامة 10 يونيو تمهيدا لمناقشتها بالجلسة العامة.