رفع حى الجمرك بالإسكندرية لأول مرة علم مميز له، وذلك انطلاقًا من مبدأ الانتماء والوحدة الوطنية، واعتبار إن حى الجمرك من أعرق وأقدم الأحياء بالإسكندرية، جاءت فكرة اللواء محمد عقل رئيس حى الجمرك، بوضع شعار خاص بالحى ويرمز له.
وقد قامت كلية الفنون الجميلة بجامعة الإسكندرية بتصميم شعار ممثل؛ بأرضية زرقاء ليرمز إلى مياه البحر التى تُحيط بالحى من كل الجوانب، ويتوسط العلم فنار باللون الذهبى على هيئة مركب ويعلوه شعاعين، فالمركب يرمز إلى مهنة الصيد التى يمارسها الكثير من أهالى الحي، والفنار يرمز إلى الدور الإرشادى للسفن أثناء سيرها بالبحر، كما يرمز الشعاعين بأعلى الفنار إلى دور حى الجمرك فى نشر عبق التاريخ، ويُعبر اللون الذهبى عن أصالة حى الجمرك وعراقته.