أوصى مؤتمر "مستقبل مصر بعد ٣٠ يونيو" الذى نظمه مركز بحوث الشرق الأوسط بجامعة عين شمس بعدة توصيات جاء من أهمها أن تضع لجنة الخمسين لتعديل الدستور مادة بالدستور تضمن حظر قيام أحزاب على أساس دينى.
كما ناشد المؤتمر الحكومة وأجهزة الأمن بتفعيل مجمل متطلبات الطوارئ بالحد من المظاهرات القائمة لأنها تلحق الضر بالمجتمع خاصة أنها تتحول إلى مظاهرات غير سلمية تعرقل ممارسة الشعب لحياته الطبيعية.
ومن بين التوصيات إعداد سلسلة من المحاضرات المتخصصة التى تتناول ما انبثق عن هذا المؤتمر من قضايا مهمة وحث الحكومة ومؤسسات الدولة المختلفة على الاهتمام بمراكز الفكر والاستفادة من مخرجاتها.