كشف الكاتب الصحفى مصطفى بكرى النقاب عن قيام جماعة الإخوان المسلمين بعمل أجهزة موازية لأجهزة الدولة، ومنها جهاز الرقابة الإدارية الموازى وكان يشرف عليه أسعد الشيخ، وجهاز الأمن وكان يشرف عليه أيمن هدهد مستشار الرئيس للشئون الأمنية ومسئول ملف الأمن فى حزب الحرية والعدالة.
وأضاف بكرى خلال حوار على شاشة الحياة 2، أن أجهزة الدولة قاتلت من خلف الستار، ولعبوا دورًا هامًا فى "تعمية" الجماعة، مشيرًا إلى أن الدولة المصرية العميقة حمت مصر فى تلك الفترة.
واستدل بكرى عندما طلب الرئيس المعزول من أحد الأجهزة السيادية بالملفات "الوسخة" لـ6 إعلاميين، هنالك استدعى جهاز أمنى رفيع أحد الإعلاميين وحذروه من أن "مرسى" طلب منهم بعض الملفات الخاصة به.