طالب مجموعة من الأثريين المشاركين بمبادرة "الآثار مشروع لنهضة مصر"، بإعادة هيكلة وزارة الدولة لشئون الآثار، وإنشاء قطاعات جديدة ضمن الوزارة وإلغاء بعض القطاعات الأخرى الموجودة حاليا.
ومن بين القطاعات التى يريد الأثريون إضافتها: قطاع الترميم وقطاع الأمن، وقطاع لمكتب الوزير وقطاع لمتحف الحضارة "تحت الإنشاء"، وآخر للمتحف المصرى الكبير "تحت الإنشاء"، وإعادة النظر فى قطاع المشروعات القائم حاليا.
كذلك اقترح الأثريون المشاركون فى المبادرة بإنشاء هيئات كبيرة تابعة لمكتب الوزير مباشرة، على أن تتضمن كل هيئة مجموعة من القطاعات، بحيث يصبح هناك هيئة للترميم تتضمن إدارة الترميم الدقيق وأخرى لترميم المبانى، وأيضا يكون هناك هيئة لقطاع الآثار الإسلامية تتضمن قطاع للآثار الإسلامية وآخر للآثار القبطية وآخر للآثار الرومانية وآخر لليونانية وآخر لآثار العصر الحديث، على أن يكون لكل هيئة إدارة هندسية مستقلة.
ومن المقرر أن يقوم الأثريون بصياغة لتصورهم عن هيكلة الوزارة بعد تشكيل الحكومة القادمة وتقديم تصورهم للوزير الجديد، مؤكدين ضرورة استقلال وزارة الآثار عن وزارة الثقافة ويكون لها وزير تكنوقراط.