طلب محمد توفيق مدير نيابة الجمرك، بسرعة تحريات المباحث عن حريق مسجد الشهداء أو عدمه، وانتداب خبراء قسم الأدلة الجنائية لمعاينه التلفيات والخسائر وأماكن حدوث الحريق وتحديد كيفية اندلاعه وبداية نقطته ونهايته.
كان قسم شرطة الجمرك قد تلقى بلاغا يفيد باشتعال النيران بمسجد الشهداء، مما أدى إلى امتداد النيران إلى 5 ورش تصنيع اليخوت ومراكب الصيادين، والتى تحتوى على أسطوانات غاز وعلب بويات تحتوى على مواد شديدة الاشتعال.
تم تشكيل لجنة للوقوف على سبب الحريق وإن كان يوجد شبهة جنائية
وأرجعت المعاينة الأولية التى أجراها ضباط الدفاع المدنى أن سبب الحريق نتج عن ماس كهربائى داخل المسجد مما أدى إلى امتداد النيران إلى الورش.