كما تلقت منظمات المجتمع المدنى، حسب التقرير، عدداً من الضربات الموجعة التى حاولت تقويض عمل منظمات المجتمع المدنى والجمعيات الأهلية، كان أكثرها جرأة التهديد الذى تلقته المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، وهى أقدم وأول منظمة حقوقية فى مصر من إدارة التضامن الاجتماعى بحلها أو عدم الموافقة على منحها التراخيص متعللة بالموافقات الأمنية.
وتناول التقرير ملف الاحتقان الطائفى، مؤكداً أنه بالإضافة للاعتداءات التى يتعرض لها الأقباط المصريين، لم يتوقفا منذ ما يقرب 40 عاماً ورصد التقرير 36 حادثة ذات طابع طائفى خلال عام 2009 بما يعادل 3 حوادث شهرياً، وأرجع التقرير هذه الأحداث الطائفية لعدم صدور قانون دور العبادة الموحد.
كما ذكر التقرير، أن القيود المفروضة على حرية التعبير مازالت مستمرة، وقد شهد النصف الأول من 2009 أكثر من 73 دعوى قضائية ضد 17 صحيفة مصرية حزبية ومستقلة وتعرض 69 صحفى للمسائلة أمام القضاء لتبلغ نسبة الأحكام السالبة للحريات 7.4، ولم تشهد الحريات الدينية أى تحسن، كما يؤكد ذلك تقرير الحريات الدينية الذى يصدره الكونجرس ليؤكد أن الأقليات الدينية تمارس ضدها أشكال متعددة من العنف والقمع وأصبحوا ضحايا للعنف والتعصب الدينى فى الوقت الذى لم تحاول فيه الحكومة اتخاذ اجراءت لحماية هذه الأقليات من العنف الذى يتعرضوا له.
فى الوقت الذى لم تشهد فيه أوضاع المرأة تطوراً ملحوظاً على الرغم من موافقة مجلس الشعب على مشروع قانون تعديل مجلس الشعب "الكوتة"، وما زالت تتعرض المرأة للعديد من حالات التضييق والانتهاك، ورصدت المجموعة النسائية لحقوق الإنسان 7 جرائم اغتصاب وجريمتين ضرب أدى للموت.
وأضاف التقرير، أن ملاحقة السلطات للشيعة، استمرت حيث قامت القوات المصرية باعتقال 306 من الشيعة مع الخطيب المتشيع "حسن شحاتة"، ووجهت إليهم تهم زعزعة الأمن القومى وازدراء الأديان، فيما شهدت أوضاع البهائيين حالة من التوتر فقد تعرضت منازلهم بمحافظة سوهاج لاعتداءات جسيمة، حيث تم حرق منازلهم.
ويؤكد مركز ابن خلدون فى تقريره أن أوضاع الأقليات فى مصر لم تتحسن عن السنوات السابقة بل ازداد عنفا، مطالباً بضرورة تحرك كل مؤسسات الدولة فى مصر لمواجهة هذا الخطر.
وطالب التقرير قوى التغيير والتحول الديمقراطى بالسعى لجذب الجماهير المصريين للتغيير، والاندماج فى تنظيمات وهيئات سياسية مهيكلة تكون قادرة على إيقاظ وعيهم وإثارة غضبهم وحشدهم لإحداث التغيير.
