كشف التقرير عدم الاستفادة من عدد من المشروعات تكلفت 104 ملايين جنيه، مثل مشروع استصلاح 5 آلاف فدان ،الذى تكلف 92 مليون جنيه نتيجة تأخير الشركة المسند اليها المشروع، حيث كان مقررا أن تنتهى منه فى عام 95 19، وقالت الهيئة فى ردها على الجهاز، أنها طلبت من وزارة التنمية الاقتصادية توفير التمويل اللازم للانتهاء من المشروع، بالإضافة إلى استثمارات قيمتها 12 مليون جنيه، لإنشاء أربع «مفارخ» سمكية فى كل من توشكى وأبوسمبل، حيث تم استلام 2 «مفرخ» فى توشكى فى 2004، ولكن وزارة الرى اعترضت على موقعهما، ولم يتم توصيل الكهرباء إليهما، ولم يتم طرحهما للتأجير حتى الآن، وأشار التقرير إلى عدم تحصيل 23 مليون جنيه كمستحقات للهيئة لدى الشركات المتعاقدة معها على تأجير القطاعات المائية لبحيرة السد العالى خلال الفترة من 2006 حتى 2008.
