اتهامات عدة هنا وهناك تكيلها منظمة "هيومان رايتس ووتش" ضد مصر من آن لآخر، جاء آخرها فى تقرير نشرته عن انتشار التعذيب فى أماكن الاحتجاز بمصر بشكل ممنهج.
تحاول منظمة "هيومن رايتس ووتش" التأكيد على عمله بشكل مستقل فى إصدار التقارير حول أوضاع حقوق الإنسان والحريات فى الدول العربية، على الرغم من إغفال المؤسسة لأوضاع العمال الأجانب والمفكرين القطريين المعتقلين داخل سجون "تميم" .