اختلاف البنية والدور بين المنظمتين، ساهم في خلق حالة تكاملية بينهما، فالاتحاد الأوروبي يحمل طبيعة سياسية، في الوقت الذى يطغى فيه الجانب العسكري على الدور الذي يقوم به الناتو، في حماية ما يسمى بدول "المعسكر الغربي"، حيث تبقى أوروبا الموحدة، بمثابة غطاء سياسي بينما الناتو غطاء عسكري.