في ليلة 22 أغسطس 1799 غادر نابليون بونابرت مصر سرًّا على متن الفرقاطة "ميرون" بقيادة الأدميرال جانتوم، مُسندًا قيادة "جيش الشرق" إلى الجنرال كليبر، عبر المتوسّط إلى فرنسا وهبط في فريجوس يوم 9 أكتوبر 1799، تمهيدًا لانقلابه السياسي، وقد أحاط رحيله بالكتمان "كي لا يُحبط الجنود"، وفق رواية مؤسسة نابليون.
أخفى نابليون قرار العودة عن معظم قادته، فغادر القاهرة متذرّعًا برحلة تفقدية في الدلتا، ثم توجّه إلى الإسكندرية حيث كانت فرقاطتا "ميرون" و"كارير" وقوة مرافقة بانتظاره، وفي 23 أغسطس أُبلغ الجيش رسميًا بتسلّم كليبر القيادة.
رافقه من "الدائرة العلمية" غاسبار مونج وكلود لوي برتوليه، ومن القادة برتييه ومورات ولان ومارمون وأندريوسي وبسيير، ضمن سربٍ صغير نجح في الإفلات من الرقابة البريطانية.
أبحر السرب من الإسكندرية متجنّبًا نقاط الحصار، ثم توقّف لبضعة أيام في أجاكسيو (كورسيكا) مطلع أكتوبر 1799، قبل أن يستأنف طريقه نحو الساحل الفرنسي.
ووُثِّق الوصول إلى فريجوس في 9 أكتوبر عبر ميدالية تذكارية محفوظة في متحف المتروبوليتان، إلى جانب الجداول الزمنية المعتمدة لدى مؤسسة نابليون.
داخل الجيش، أثار الانسحاب المفاجئ دهشةً واستياءً بين بعض الضباط الذين بلغهم الخبر لاحقًا، فيما يذكر بورّييين في مذكّراته أنّ "الخبر انتشر كالبرق".