يتميز قداسة البابا تواضروس الثانى بحبه الشديد للكتابة والمؤلفات قبل وبعد الرهبنة حيث ألف العديد من الكتب التي نشرها الموقع الرسمى للكنيسة الأرثوذكسية والتى تتمثل فى "هذا إيمانى" وهو أول كتاب للدكتور وجيه صبحى باقى حينما كان أمين خدمة بكنيسة الملاك ميخائيل بدمنهور فى البحيرة لكنه صدر رسمياً فى 1990 بعد رسامته راهباً باسم "الراهب ثيودور الأنبا بيشوى".
ويعتبر "الكتاب المقدس أعظم وثيقة جمالية"، كتاب أنتجه البابا تواضروس عام 1998 بعد رسامته أسقفاً عاماً بإيبارشية البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية ليكون مساعداً للأنبا باخوميوس مطران الإيبارشية، وتم وضع هذا الكتاب مع بداية "معهد الكتاب المقدس" بالإيبارشية، ويتناول فيه "الفنون الأدبية والجمالية والشرعية والتشريعية والقصصية والطبيعة والأرقام والألوان والأشكال" فى الكتاب المقدس. وصدر له كتاب تعليمى عن أسبوع الآلام يحمل عنوان: "أسبوع الآلام: كتابياً - كنسياً – روحياً".
ويعتبر كتاب "المنجلية القبطية الأرثوذكسية" من أكبر كتب البابا وقام بإعداده خلال الفترة من 2010 وحتى بعد جلوسه على الكرسى البابوى وصدر عن طريق مجهود لفريق من الخدام فى الذكرى الأولى لتجليس البابا على الكرسى البابوى فى 18 نوفمبر 2013، وكانت مناسبة هذا الكتاب مرور 20 عاماً على خدمة الراهب ثيودور الأنبا بيشوى الذى صار الأنبا تواضروس فى إيبارشية البحيرة، وهو عبارة عن العظات التى كان يلقيها البابا خلال هذه الفترة وكانت مجمعة فى أوراق صغيرة، تم تجميعها فى هذا الكتاب ليتحول لـ "القطمارس القبطى" بأجزائه الخمسة شاملاً النصوص والشواهد الكتابية مع التأملات الروحية والأقوال الآبائية واللوحات التعليمية فى مجلد واحد.
