رغم الطبيعة الخاصة للدراسة فى مدارس المتفوقين فى العلوم والتكنولوجيا وما تتميز به، حيث يعتمد الطالب على البحث والمشروعات الدراسية، وأيضا اختلاف امتحانات هؤلاء الطلاب..
مع بداية العام الدراسى الجديد، ظهرت على السطح مشكلات متعلقة بالدراسة والمناهج الدراسية، وغيرها من المشاكل، التى تمثل تحديا كبيرا أمام وزارة التربية والتعليم.