هنا باب السر والذى دخلت منه رأس الحسين ودفنت خلفه، والذى كان قصراً فخماً ومقر الحكم الفاطمي إلي مسجد بعد وصول الرأس الشريف إليه فلماذا يمي هذا الباب بالباب الأخضر.
تحول مقر الحكم الفاطمى من قصر الزمرد إلى مسجد سيدنا الحسين وهذا بعد وصول الرأس الشريف له ، أما عن الباب الأخضر فقد سمي الباب الأخضر نسبة إلى (حرير الأخضر) الذي يكسو الرأس الشريف ويوجد بأسفل المآذنة شباك من الطوب المسدود وكأنه كان على شكل طاقة رؤيا من تلك التي كانت معروفة قديمًا في العمارة الإسلامية.
يتوافد على مسجد الحسين ألاف من الزوار المحبين لأل بيت رسول الله، وقد قامت الدولة المصرية بإجراء تجديدات بالمساجد حيث أعادتها إلى رونقها القديم.