يعد مسجد ذو القبلتين من أهم المساجد فى التاريخ الإسلامى على الإطلاق، فقد شهد المسجد واقعة تحول قبلة المسلمين من المسجد الأقصى (قبلة المسلمين الأولى) إلى المسجد الحرام، وكان شاهداً على تسليم الرسول والمسلمين لأمر ربهم وطاعتهم له، فأصبح المسجد من أهم معالم التاريخ الإسلامى.
شيد المسجد بنو سواد بن غنم بن كعب فى عهد رسول الله صلى الله عليه وسلم فى العام الثانى من الهجرة النبوية، وتم بناؤه فى ذلك الوقت من اللبن والسعف وجذوع النخيل، ويقع المسجد فى الطرف الغربى من المدينة المنورة على هضاب حرة الوبرة، وتبلغ مساحة المسجد الآن 3920 متراً مربعاً.
فى يوم 15 شعبان فى العام الثانى من الهجرة الموافق 11 فبراير 642 م، كان رسول الله صلى الله عليه وسلم يزور أم بشر من بنى سلمة معزياً، وعند صلاة الظهر ذهب لأداء الصلاة فى المسجد، وبعد أن أتم ركعتين نزل عليه الوحى بالتحول إلى الكعبة المشرفة بقوله تعالى (قد نرى تقلب وجهك فى السماء فلنولينك قبلة ترضاها فول وجهك شطر المسجد الحرام وحيث ما كنتم فولوا وجوهكم شطره).
فحول رسول الله صلى الله عليه وسلم اتجاهه أثناء أدائه لصلاة الظهر فى الركعتين التاليتين، وتبعه من وراءه من المسلمين تجاه الكعبة المشرفة، فعرف المسجد منذ ذلك الحين بمسجد ذو القبلتين.
وقد قام الخليفة عمر بن عبد العزيز بتجديد عمارة المسجد، وفى سنة 893هـ/الموافق 1488م، جدد الشجاعى شاهين الجمالى (كبير خدم المسجد النبوى فى ذلك الوقت) عمارة المسجد وأصلح سقفه، وفى عهد الوالى العثمانى سليمان القانونى أصلحت عمارة المسجد عام 950هـ الموافق 1943م، وتم تدوين ذلك على لوحة رخامية وضعت على أحد جدار المسجد الخارجية.
وتم زيادة مساحة المسجد وتجديد عمارته وزخرفته وتحديث شكله فى العهد السعودى الحالى، ويتميز المسجد بوجود القبلتين بداخله، إحداهما تتجه صوب المسجد الأقصى، والأخرى نحو الكعبة المشرفة، ومن الخارج يتميز المسجد ببياضه الناصع، وله مئذنتان، ويعلوه قبتان الأولى قطرها 8م والثانية 7م، ويقارب ارتفاعهما حوالى 17م.