رفض عدد من أعضاء مجمع البحوث الإسلامية التهم التى وجهتها المجموعة المتحدة ومركز أندلس، بالتصريح لكتب تزدرى المسيحية وتحض على الكراهية ومطالبتهم بمصادرة عدد من الكتب التى تروج لذلك، مثل كتاب هداية الحيارى فى أجوبة اليهود والنصارى وكتاب اقتضاء الصراط المستقيم فى مخالفة أصحاب الجحيم والمطالبة بتنقية كتب التراث من الخزعبلات،

حيث نفى الشيخ على عبد الباقى الأمين العام للمجمع، أن يكون مجمع البحوث الإسلامية قد تلقى أى إخطارات بهذه البلاغات، مؤكدا أن المجمع ليس جهة تنفيذية تفتش على الكلمة المطبوعة، وإنما هو جهة علمية لا تنظر إلا فيما يرفع إليها، وأضاف عبد الباقى، أن مجمع البحوث لا يمكن أن يصمت على أى إهانة لدين سماوى، انطلاقا من أرضية احترام معتقدات آخرين، مطالبا مقدمى البلاغ بالتقدم لما يروه مسيئا فى هذه الكتب وعرضه على المجلس.

الرأى الثانى كان للدكتور محمد رأفت عثمان رئيس لجنة البحوث الفقهية بالمجمع حيث قال
"إننا محتارون فهناك كتب تهاجم ثوابت الدين وعندما نواجهها يتهمون مجمع البحوث بالتعنت ومصادرة الفكر وعدم الحرية، مضيفا أن أيا من هذه الكتب لا يتداول إلا بعد موافقة مجمع البحوث الإسلامية، ومجمع البحوث هو الذى يقول صالح أو غير صالح بناء على أدلة وبراهين.

وأضاف أن مجمع الإسلامى جهة ليست تنفيذية، وإنما جهة علمية عليا تبدى الرأى فيما يعرض عليها من كتب وأفكار ترى فى النهاية إذا كانت هذه الكتب من صحيح الدين أولا وما إذا كانت بعيدة عن الهوى والغرض.

فيما أكد الشيخ عبد الظاهر أبو غزالة رئيس لجنة البحوث والترجمة والنشر بالمجمع، أن الأزهر لا يسمح بأى إهانة للأديان السماوية، ورغم ذلك فمنذ مئات السنيين، وهناك من يهاجم الإسلام ولم يمنعهم أحد ومنهم من يهاجم الإسلام على القنوات الفضائية مثل القس بطرس زكريا على قناة الحياة، ولم يتحرك اى من هؤلاء المحامون للدفاع عنه كدين سماوى يؤمن به الملايين.

وعن المطالبة بتفعيل دور المجمع فى عدم تداول الكتب، وصفه غزالة بأنه "أمر صعب جدا" لأن العالم أصبح قرية صغيرة والقراء يستطيعون اللجوء إلى الإنترنت ليصلوا إلى ما يريدون قراءته، واصفا الاتهامات بأنها "تلاكيك" لإثارة فتنة طائفية فى البلد وتحركات أمريكية لجعل هذه البلد مثل العراق ولبنان وأفغانستان وأن هذا الكلام ضد مصلحة مصر، وطالب بعدم التحدث إلا بدليل وناشد الجميع بعدم النظر إلى مثل هذه الأمور التى من شأنها أن تثير الفرقة وتفكيك وحدة الصف، فنحن فى المقام الأول والأخير مصريون، ولابد أن نحافظ على بلدنا من أى عدو خارجى يحاول النيل منها.